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個人事業主の賃貸用不動産を会社に売却する節税対策の詳細と検討事項!

2025 8/16
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不動産の税金
2018年2月25日2025年8月16日
個人事業主の賃貸用不動産を会社に売却する節税対策の詳細と検討事項!

不動産賃貸業を営む個人事業主で、ある程度の利益がある人(500万円以上)は、不動産管理会社を設立した方が節税対策になるということを以下の記事で解説しました。

不動産業専門の川崎公認会計士・税…
不動産賃貸業を営む個人事業主が管理会社を設立するメリットについて! | 不動産業専門の川崎公認会計士・… 不動産賃貸業を営む個人事業主が不動産管理会社を設立するメリットを12個挙げています。会社設立は節税対策に繋がるので、個人事業主の方は是非ご覧ください。

そして、不動産管理会社を設立して、不動産賃貸業を営む個人事業主から所得を移転するには、次の3つの方式があります。

  • 管理委託方式
  • 一括転貸方式(サブリース方式)
  • 会社所有方式

所得の移転を簡単に出来る順番でいえば、管理委託方式>一括転貸方式(サブリース方式)>会社所有方式になりますが、所得を移転できる最大の金額でいえば、会社所有方式>一括転貸方式(サブリース方式)>管理委託方式となります。

今回は3つの方式のうち「会社所有方式」を採用した場合の節税対策とその注意点を説明します。

なお、その他の方式はそれぞれ別の記事として記載していますので、そちらをご覧ください。

不動産業専門の川崎公認会計士・税…
不動産管理会社で管理委託方式を採用した場合の節税方法と注意点について | 不動産業専門の川崎公認会計士… 【この記事の概要】 不動産管理会社で管理委託方式を採用すれば、節税対策に繋がります。 管理委託方式で会社に移転する所得は業務の内容とその単価で決定されます。 裁決…
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一括転貸(サブリース)方式による不動産管理会社の節税方法と注意点! | 不動産業専門の川崎公認会計士・… 一括転貸(サブリース)方式を採用すれば、不動産オーナーは節税対策をすることができます。ただし、実質が伴わない場合、税務上否認されます。今回は、一括転貸方式で節税…
目次

会社所有方式とは?

会社所有方式とは、①建物だけ、又は、②建物と土地の両方を、不動産を所有している個人事業主から不動産管理会社に売却して、不動産管理会社の名義で不動産賃貸業を行っていく方式です。

所有権が不動産管理会社に移転するので、当然、家賃収入・礼金・敷金等の全ての収入が不動産管理会社に帰属することになります。

管理委託方式や一括転貸方式では、家賃収入の一部しか不動産管理会社に移転できなかったのに対し、会社所有方式ではすべての家賃収入を不動産管理会社に移転できます。

さらに、管理委託方式や一括転貸方式では、管理実態が重視され、①管理実態がない、又は、②不十分な場合は税務上所得の移転を否認されるリスクがありましたが、会社所有方式は、建物の所有権自体を不動産管理会社に移転するので管理実態に関する論点がなくなるというメリットがあります。

会社所有方式では、土地・建物の両方を不動産管理会社に売却することもありますが、建物のみを不動産管理会社に売却する事例も多いです。

不動産管理会社への土地・建物売却時の検討事項

複数の賃貸用不動産を所有している個人事業主が、不動産管理会社に土地・建物を売却する場合、以下の論点を検討する必要があります。

  • どの土地・建物を不動産管理会社に売却するか?
  • 土地・建物の売却価額をいくらにするか?
  • 土地・建物に対する銀行融資の不動産管理会社への引継ぎは可能か?

どの土地・建物を不動産管理会社に売却するか?

個人事業主から不動産管理会社へ売却する土地・建物の選び方のポイントは以下の3つになります。

  • 収益性が高い土地・建物を選ぶ
    ⇒多額の所得の移転効果が見込まれるため
  • 土地・建物の固定資産税評価額が安く、耐用年数が短い建物を選ぶ
    ⇒譲渡に係る税金が安く、減価償却費の利用で移転後も会社に多額の費用が計上できるため
  • 銀行融資による抵当権が設定されていない土地・建物を選ぶ
    ⇒所有権を移転する際に銀行との交渉が不要になるため。
    また、銀行融資があると、相続上が発生した際に、債務控除として相続財産から差し引けるので、個人事業主に融資残高を残しておいた方が有利になるため

土地・建物の売却価額はいくらになるか?

税務上、一番問題になるのが、個人事業主から不動産管理会社へ土地・建物を売却した時の価額についてです。

例えば、個人事業主が、1億円で購入した土地・建物を、不動産管理会社に1億5,000万円で売却した場合、差額の5,000万円が利益になるため、所得税の譲渡所得が個人事業主に発生します。

逆に、個人事業主が1億円で購入した建物を、不動産管理会社に5,000万円で売却した場合、5,000万円の損失になり、利益が発生しないので、所得税の譲渡所得は発生しません。

個人事業主と不動産管理会社間の土地・建物の売買取引の場合、個人事業主=不動産管理会社の持ち主(株主)のため、個人事業主にとって都合の良い金額で土地・建物の売買契約を結べることになります。

個人事業主にとって都合の良い金額とは、土地・建物の売却取引の利益が0円になるような金額ですが、それでは税務署側は税金を取りあぐねてしまします。

そこで、個人事業主と不動産管理会社との土地・建物の売買取引の場合、「時価」を土地・建物の売買価格にするように決められています。

「時価」の決定方法には、以下のような考え方があります。

【土地の時価の考え方】

  1. 近隣類似の土地の地価公示価格(国土交通省が毎年公示する土地の価格)に面積を掛けた土地の価格
  2. 売買する土地の相続税路線価×面積を0.8で割り戻した土地の価格
  3. 不動産鑑定評価で算出された土地の価格

【建物の時価の考え方】

  1. 個人事業主の建物取得価額から不動産管理会社への売却時までの経過年数分の減価償却費を除いた建物の未償却残高
  2. 税務署が発表している「建物の標準的な建築価額」を基に新築当時の建築価額を計算し、そこから経過年数分の減価償却費部分を除いた建物の未償却残高
  3. 固定資産税評価額(実際の建築価額の6割程度)から割り戻した価額
  4. 不動産鑑定評価価額・直近の売買実例価額(主にマンションの場合)

土地・建物は個別性が強く、本当に外部に売却してみるまでは、誰にも「時価」は分かりません。

それでも、「時価」で売却することが定められているので、上記の土地・建物の時価の考え方を参考に、個人事業主と不動産管理会社での売買金額を決定することになります。

大切なのは、税務署側に、「絶対にこの売買金額は時価より安すぎる!」と指摘されないことです。

上記の考え方に従って、きちんと理論的に時価を決めておけば、基本的に、納税者が時価と主張した金額が時価になります。

土地・建物に対する銀行融資の不動産管理会社への引継ぎは可能か?

不動産管理会社は、個人事業主とは別人格になります。

つまり、たとえ、個人事業主が100%不動産管理会社の株式を所有し、不動産管理会社を好き勝手出来たとしても、法律上は、個人事業主と不動産管理会社は別の人間として扱われます。

よって、一般の売買の時と同じように、個人事業主は、融資の担保として抵当権が設定されている銀行に、あらかじめ、土地・建物の売却の承認を得る必要があります。

銀行の承認が得られれば、売買時点で、銀行融資の不動産管理会社への引継ぎが可能になります。

建物のみを売却した場合、土地の賃借契約の形態について

会社所有方式を採用し、個人事業主が建物のみを不動産管理会社に売却した場合、不動産管理会社は、個人事業主から土地を「借りる」ことになります。

この土地を「借りる」契約形態については、①使用賃借契約と②賃貸借契約の2つのパターンがあります。

使用賃借契約

使用賃借契約とは、不動産管理会社に対する土地の使用料を無償にする契約又は、固定資産税・都市計画税相当額のみを不動産管理会社に対する土地の使用料とする契約です。

使用料を低く設定できるので、不動産管理会社⇒個人事業主への所得の逆流を防ぐメリットがあります。

ただし、個人事業主が死亡して相続が発生した時に、賃貸借契約の場合のような土地の20%評価減の適用を受けられなくなります。

賃貸借契約

賃貸借契約とは、不動産管理会社が、土地の固定資産税・都市計画税の合計額を大幅に上回る土地の賃借料を個人事業主に支払う契約です。

賃借料が高額になると、不動産管理会社⇒個人事業主への所得の逆流が生じてしまうので、固定資産税・都市計画税の合計額の2倍~3倍程度の賃借料にしていることが多い印象です。

また、賃貸借契約書に借りた土地をタダで返す旨の条項を追加して、不動産所有者と不動産管理会社の連名で「土地の無償返還に関する届出書」を税務署に提出すれば、個人事業主の相続発生時に土地の評価額を80%にできます。

ただし、不動産管理会社の株式を100%個人事業主が所有している状態で個人事業主が亡くなると、土地と共に相続財産となる株式の評価で、土地の20%減額分が加算されてしまいます。

よって、個人事業主が亡くなる前に株式を次の世代に譲渡することが必要になります。

使用賃借契約と賃貸借契約のどちらが良いか?

実務上は、個人事業主の相続時に土地評価額を80%にできる賃貸借契約が主流ですが、個人事業主が若い場合は、使用賃借契約を利用して、使用料を低く抑えて、節税効果を大きくする方法も考えられます。

使用賃借契約と賃貸借契約のどちらが良いということはありませんので、不動産所有者の年齢に応じてベストな方法を選択するべきでしょう。

また、一旦使用賃借契約を締結したとしても、賃貸借契約に変更することが不可能ということはありません。

もし、不動産所有者が若い場合は、まずは使用賃借契約を採用し、相続が近づいたタイミングで賃貸借契約への切り替えを検討する方法も考えられます。

土地・建物を売却する際の税金や司法書士手数料について

個人事業主から不動産管理会社に土地・建物を売却する場合、以下の費用が発生します。

  • 消費税
  • 印紙税
  • 登録免許税
  • 不動産取得税
  • 所得税の譲渡所得
  • 司法書士手数料

一つずつ内容と注意点を確認していきましょう。

消費税

土地の売却は、消費税非課税になりますので、建物の売却時の消費税について焦点を当てて解説します。

建物を売却した場合、「売却益」に対して消費税が課税されると思っている人が多いのですが、「売却した価額」に対して消費税は課税されるので注意してください。

下の仕訳をザクっと確認した後、さらに下の説明をみてください。

帳簿価額8,000万円の建物を、1億1千万円(税込み)で売却した。

スクロールできます
借方 金額 貸方 金額
現金預金 1億1,000万円 建物
仮受消費税
固定資産売却益
8,000万円
1,000万円
2,000万円

帳簿価額2億円の建物を、1億1千万円(税込み)で売却した。

スクロールできます
借方 金額 貸方 金額
現金預金
固定資産売却損
1億1,000万円
1億円
建物
仮受消費税
2億円
1,000万円

上記の仕訳は、建物を売却した時に譲渡益と譲渡損が生じるそれぞれの場合ですが、注目してもらいたい所は、仮受消費税の金額です。

両者とも1,000万円で、建物の売却価額1億1,000万円の消費税部分になっており、固定資産売却益2,000万円、固定資産売却損1億とは無関係ということになります。

固定資産売却益に対して消費税が課税される訳ではない、また、固定資産売却損でも消費税は発生するということを覚えておいてください。

また、現在、消費税免税事業者の個人事業主も課税売上高が1,000万円超になれば、2年後から消費税課税事業者になってしまいますが、その課税売上高1,000万円超の判定に建物売却価額が含まれてしまいます。

余程少額な建物売却取引でない限り、建物売却取引をした場合、不動産所有者が2年後から消費税課税事業者になってしまいますので、ご注意ください。

印紙税

個人事業主から不動産管理会社へ土地・建物を売却する場合でも、一般の売買取引と同様に、建物売買契約書が必要になります。

建物売買契約書が存在する以上、売買金額により印紙税を支払うことが必要になります。

一般的な土地・建物の売買契約の場合、不動産仲介会社が契約締結に係る諸手続きの指示をしてくれるのですが、個人事業主と不動産管理会社の土地・建物売買取引では、仲介役の不動産会社は不在(契約者同士の直取引)の場合が多く、印紙の貼付が漏れている例がしばしばあります。

土地・建物売買取引の場合、貼付する印紙金額が多額になることもあり、貼り忘れると地味に痛い追徴課税を受けることもありますのでご注意ください。

登録免許税

個人事業主と不動産管理会社との間の土地・建物売買取引でも、一般の土地・建物売買取引の場合と同じように土地・建物所有権移転に伴い、不動産管理会社側に登録免許税が課税されます。

登録免許税は、固定資産税評価額の2%(ただし、軽減税率の適用がある場合は1.5%)です。

不動産取得税

個人事業主と不動産管理会社との間の土地・建物売買取引でも、一般の土地・建物売買取引の場合と同様に、土地・建物所有権移転に伴い、不動産管理会社側に不動産取得税が課税されます。

不動産取得税は、固定資産税評価額の4%(ただし、軽減税率の適用がある場合は3%)です。

所得税の譲渡所得

個人事業主と不動産管理会社との間の土地・建物売買取引でも、時価で売買取引を行う以上、固定資産売却益・固定資産売却損が計上される可能性があります。

固定資産売却益は、所有期間5年未満の短期所有ならば、約40%の税率が適用され、所有期間5年以上の長期所有ならば、約20%の税率が適用されます。

固定資産売却損の場合は、納税義務は生じませんが、固定資産売却損を他の所得(例えば給与所得や不動産所得等)と損益通算できませんので、注意が必要です。

司法書士手数料

土地・建物売却契約に伴って、個人事業主から不動産管理会社への所有権移転登記を行いますが、司法書士に登記手続きをお願いする場合は司法書士手数料が必要になります。

なお、個人事業主本人が法務局で直接所有権移転登記手続きをすることもできます。

法務局に事前に電話をかけて、必要な書類を聞き、予約日に法務局の局員と一緒に書類を作成すれば、簡単に所有権移転登記はできてしまいます。

時間がある個人事業主は、ご自身で所有権移転登記を行ってみても良いかもしれません。

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