二世帯住宅に区分所有建物の登記が「なければ」、その二世帯住宅を1軒の建物として扱い、居住する親族全員が同居親族に該当し、特定居住用宅地等として小規模宅地等の特例（80％減額）が適用できます。
しかし、二世帯住宅で区分所有建物の登記をしてしまうと、亡くなった人（被相続人）が実際に居住していない独立部分にまで亡くなった人の居住範囲を拡大する取り扱いができなくなってしまいます。
つまり、亡くなった人が居住していた専有部分のみが特定居住用宅地等になり、小規模宅地等の特例（80％減）の検討上は非常に不利になります。
二世帯住宅に区分所有登記をするのは、抵当権設定の都合・住宅ローン控除の都合・固定資産税や不動産取得税の都合などによるものですが、相続が発生し、小規模宅地等の特例を適用する段階では、非常に不利になる可能性があることを覚えておきましょう。
以下、具体的な事例で確認してみましょう。
【事例】
父親所有の土地の上に父親と長男は完全分離型の二世帯住宅を建てて、暮らしています。
1階には父親と母親が、2階には長男家族（生計別）が生活しています。
父親が死亡し、相続が発生しました。
この時、区分所有建物の登記をしていない場合としている場合での小規模宅地等の特例の適用の有無を考えてみましょう。
【区分所有建物の登記をしていない場合】
完全分離型の二世帯住宅の場合、1階と2階で玄関も別であり、建物内に自由に行き来できる内ドアもないので、実際の生活上は父親世帯と長男世帯の生活は別々に行われていることになります。
しかし、小規模宅地等の特例上は、その二世帯住宅を1軒の建物として扱い、居住する親族「全員」が同居親族に該当し、特定居住用宅地等として小規模宅地等の特例（80％減額）が適用できることになります。
つまり、母親と長男どちらが父親所有の土地を取得しても小規模宅地等の特例を適用できることになります。
なお、通常は二次相続を考えて、長男が父親所有の土地を取得することになると考えられます。
【区分所有建物の登記をしている場合】
まず、1階部分に関してですが、母親が父親の土地を相続すれば、配偶者特例に該当するため、小規模宅地等の特例を適用できます。
長男が取得する場合、1階には母親が住んでいるため、家なき子特例に該当せず、小規模宅地等の特例を適用できません。
次に2階部分に関してですが、本事例では、父親と長男は別生計ですので、生計一の特例に該当しないため、母親は小規模宅地等の特例を適用できません。
長男が取得する場合、生前の父親と長男は別生計であったため、生計一親族の特例を適用することができず、小規模宅地等の特例を適用できません。
上記の事例から分かる通り、区分所有建物の登記をしてしまうと少なくとも2階部分の建物に対する敷地に関しては、小規模宅地等の特例（80％減額）が適用できなくなってしまいます。
区分所有建物の登記をする場合には、目先の利益だけでなく、相続税の影響も加味して、中長期の利益も考慮にいれるべきでしょう。
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