税務調査で経費が否認されたら？経営者の心構えと対応を税理士が解説

2026年6月20日

「この経費は税務調査で否認されないだろうか」——そんな不安を抱える経営者は少なくありません。

経費の判断を誤ったまま放置すると、税務調査で追徴課税や加算税という思わぬ負担につながることもあります。

この記事では、税務調査で経費が否認される理由と追徴税額の仕組み、調査当日の対応、そして日頃からできる準備を、不動産業を専門とする税理士がわかりやすく解説します。

税務調査で経費が否認されるとどうなる？

税務調査で経費が否認されると、不足していた本来の税金（本税）に加えて、加算税と延滞税という2種類のペナルティが上乗せされます。

加算税（＝申告の誤りに対するペナルティの税金）は誤りの内容によって税率が変わり、延滞税（＝納税が遅れた期間にかかる利息のような税金）は納付が遅れた日数に応じて課されます。

まずは、どの税金がどれだけ増えるのかを整理しましょう。

加算税などの種類	課されるおもなケース	税率（原則）	おさえておきたいポイント
過少申告加算税	申告した税額が少なかった	10％（一定額超は15％）	調査の連絡前に自分で直せば原則かからない
無申告加算税	申告期限までに申告しなかった	15〜20％	300万円を超える部分は30％（令和6年1月〜）
重加算税	事実を隠したり偽ったりした	35％（無申告は40％）	過去5年内の再発はさらに+10％
延滞税	納付が期限に遅れた	年2.8％／9.1％	納期限から2か月を境に率が上がる（令和8年）

延滞税の割合は2026年（令和8年）時点のものです。

延滞税は納期限の翌日から2か月以内が年2.8％、それを過ぎると年9.1％です。

なお、期限内に申告していれば、法定申告期限から1年を超えて修正申告・更正があっても、1年を超える期間は延滞税の計算に含めない特例（除算期間）があります。

ただし、仮装・隠蔽などの不正行為で重加算税が課される場合は、この特例は適用されず全期間に延滞税がかかります。

経費が否認される原因の多くは、「事業との関連性を説明できない支出」に集約されます。

次の4つは特に指摘されやすいため、心当たりがないか確認しておきましょう。

とくに指摘されやすい経費

プライベートとの線引きが曖昧な支出…自宅兼事務所の家賃や水道光熱費など。按分（＝自宅兼事務所なら仕事で使った割合だけを経費にできる考え方）の根拠を示せないと否認されやすい支出です。
事業との関連性を証明できない交際費・旅費…誰とどんな目的で使ったのか、記録が残っていないもの。
領収書や帳簿などの証拠が不足している支出…記録や保存がなく、支出の事実そのものを示せないもの。
交通系ICカード（SUICA・PASMO）へのチャージ…チャージした時点ではまだ「前払い（預け金）」にすぎず、その全額が経費になるわけではありません。実際に業務で乗車した分だけが経費です。物販が混じると否認された場合、役員報酬や給与の加算になってしまうため特に注意してください。

否認される金額が大きいほど、本税だけでなく加算税・延滞税の負担も雪だるま式に増えます。

ここでは、経費50万円が否認されたケースを例に、増える税額をざっくり計算してみます。